Mari surprize arheologice au fost servite de biserica unitariană de la Bădeni. Sursele scrise pomenesc o serie de informații despre acest edificiu, cel mai important fiind oferit de acea inscripție pe piatră, înregistrată de preotul paroh Kozma Mihály, în 1809, conform căreia biserica ”veche” a fost edificată la 1338, cu hramul Sfânta Treime.
Cunoscând acestea a început cercetarea arheologică preliminară în jurul bisericii, în 2015, o dată cu proiectul de reabilitare a bisericii. Cu această ocazie, pe latura nordică a bisericii au fost descoperite o serie de morminte, iar într-una din ele, ca inventar funerar a fost depus un inel de tâmplă cu capătul în forma literei S, fapt ce a indus teoria conform căreia, în această zonă a existat și o altă biserică, mult mai veche decât cea construită în 1338.


Inel de tâmplă cu capătul în forma literei S
 
După demararea lucrărilor de reabilitare, începând din Ianuarie 2019, cercetările arheologice au continuat în interiorul bisericii. După degajarea nivelelor de umplutură, au fost identificate o serie de morminte datate pe parcursul anilor 1700, dar au ieșit la iveală și zidurile bisericii construite în prima jumătate a secolului al XIV-lea, menționat mai sus. Așadar, în secolul al XIX-lea, acest edificiu vechi, datorită problemelor ei structurale a fost demolată, iar în jurul ei a fost construită biserica pe care o vedem și astăzi, reutilizând foarte multe elemente (pietre cioplite) din edificiul demolat.
În această fază, după identificarea edificiului menționat, nu a existat încă un răspuns ferm în ceea ce privește acele inele de tâmplă descoperite în mormintele cercetate în 2015. După adâncirea în interiorul bisericii demolate, au fost descoperite o serie de alte ziduri, care purtau semne total diferite de cele văzute până la acel moment. Construite din blocuri fasonate (probabil aduse din castrul legionar de la Turda), cu un mortar extrem de puternic și de bună calitate, au servit ca supoziție pentru existența unei structuri bisericești de secol XII-XIII. Abia spre finalul cercetării, între zidul bisericii actuale și zidul edificiului demolat în 1809, a fost descoperit un mormânt intact, pe a cărui ochi, a fost identificată o monedă de argint (în conformitate cu riturile vechi, prin care defunctului i-se punea pe ochi, piept sau în mână un bănuț pentru plata luntrașului Charon, care transporta sufletele spre tărâmul veșnic). După curățirea și determinarea monedei, s-a văzut că acesta este un denar de argint, emis de către regele Béla al II-lea (cel Orb), după anul 1131.

Denar de  argint emis de regele Bela II.
 
Astfel, cercetătorii au ajuns la concluzia, că într-adevăr, și la Bădeni există un sat medieval timpuriu, exact ca și cel descoperit la Moldovenești, locuit de servitori ai castrului regal.
Cercetările arheologice de la cele două obiective au adus o contribuție extrem de importantă pentru istoria Transilvaniei, elementele de la Bădeni fiind cele mai vechi din zona rurală a Transilvaniei medievale.